제노사가 에피소드 3 짜라투스트라는 이렇게 말했다

2006년 7월 6일 발매한 제노사가 시리즈의 최종작.

그동안 제노사가 시리즈에서 볼수 없던 붉은색 삼각형 잔혹함 마크가 처음 달린 작품이다.

그노시스 테러 사건 이후, 벡터를 결별한 시온 우즈키는 반 U.M.N 조직 스케엔티아와 함께 S-Division에 잡임하고 그 상황에서 후속 T-elos의 개발로 KOS-MOS의 파기가 예정되고 주니어 들은 우주에 떠오른 수수께기 부유 대륙 조사중 조사를 하던 엘자가 실종,KOS-MOS 제 3형태를 사용하기로 하고 그곳으로 가게된다. 하지만 간 곳에서 기다리고 있는 건, 접하기 힘든 과거들이었다.

최종작품이라는 말 답게 캐릭터의 렌더링이 모두 변했으며 에피소드2에서 하향되었던 캐릭터들이 꽤나 강화되었다.

참고로 캐릭터 담당이 1의 캐릭터를 맡은 타나카 쿠니히코에서 CHOCO(무기타니 코우이치)로 변경되면서 캐릭터 외모가 확실히 보기에 좋아져 상당한 호평을 받았다.하지만 역사는 반복되고 모노리스 소프트는 똑같은 실수를 되풀이한다.

모델링과 더불어 이전작에서 가장 불만이 많았던 전투의 조잡함 역시 대폭 개선되었고, E.S.연출도 강화되어 전투 템포가 상당히 좋아졌다. 이외에도 전반적인 인터페이스나 진행 흐름 역시 좋아져 최종작에 어울리는 완성도를 보여주고 있다.

다만 원래 4부작으로 기획되었던 것을 판매량 저조로 인해 3부로 억지로 줄이게 되면서, 후반의 진행이 충공깽스러운 압축전개를 보여준다. 누가 제노기어스 만든 회사 아니랄까봐 이 작품을 마지막으로 모노리스가 반다이 남코에서 닌텐도로 팔려가게 된 것도 제노기어스를 떠올리게 한다.