자포니카 쌀(japonica-日本種)은 쌀의 품종 중 하나의 명칭으로, 모양새가 둥글고 굵은 단중립형 쌀로 분류된다. 자포니카 쌀은 한반도, 일본, 중국 북부에서만 주로 소비가 되며, 전 세계에서 생산되는 쌀 중 10% 가량이 자포니카 쌀이다. 나머지 90%는 인디카 쌀이다.
자포니카 쌀은 다른 주요 쌀 품종인 인디카(indica-印度種)에 비해 짧고 둥글다. 쌀은 기본적으로 90%이상 전분으로 구성되는데, 자포니카 종은 전분 중 아미로스라는 성분이 인디카에 비해 낮기 때문에 인디카에 비해 더 찰지며, 윤기가 더 난다. 무게는 품종에 따라 다소 차이는 존재하나, 인디카는 낱알 1천개의 무게가 25g 전후인 반면, 자포니카는 19-23g 가량이다.
대한민국, 일본, 중화민국 등은 MMA(최소시장접근)조치에 의해 자포니카 쌀 생산국으로부터 의무적으로 일정량 이상을 매년 수입하여야 한다. 주요 수출국의 경우 중국, 오스트레일리아 등은 자포니카 쌀 농업에 대한 국가 보조금이 거의 없지만, 미국의 경우에는 쌀 농업수입의 50%에 달하는 보조금이 주어진다. 쌀 수출국과 수입국은 쌀 무역 진흥을 위한 협의를 진행 중이다. 한국은 MMA 방식으로 최소수입을 하는 대가로, 2004년 WTO 협의에서 자포니카 쌀을 비롯한 쌀 시장 개방을 2014년까지 10년을 추가로 유예받았다. 한국 정부의 경우, 국내의 낮은 쌀 농업 경쟁력을 강화시키기 위해 정부 차원에서 인프라와 농업 보조금 등을 지원하였으나 별다른 성과를 얻지 못하고 있다. 삼성경제연구소에 따르면 총 농업 분야 진흥에 대한 정부 지출 총액은 15년간 130조원에 이른다고 한다.