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뉴욕 지하철의 열차들은 주요 간선과 간선을 잇는 지선들을 복잡하게 건너다니며 운행한다.
1 A 디비전
주요 노선은 다음과 같다.
- IRT 렉싱턴 애비뉴 선 : 4, 5, 6호선이 경유한다.
- IRT 브로드웨이-7번가 선 : 전 노선이 1호선으로 운행한다. 2호선 과 3호선도 경유한다.
- IRT 플러싱 선 : 전 노선이 7호선으로 운행한다.
- IRT 화이트 플레인즈 로드 선: 2호선, 5호선이 경유한다.
- IRT 팰햄 노선 : 6호선이 경유한다.
- IRT 우드란 노선 : 4호선이 운행한다.
- IRT 이스턴 파크웨이 선 : 2, 3, 4, 5호선이 경유한다.
보조 노선은 다음과 같다.
- 42가 셔틀 : 전 노선이 42가 셔틀로 운행한다.
- IRT 노스트란드 애비뉴 선: 2호선, 5호선이 운행한다.
2 B 디비전
주요 노선은 다음과 같다.
- BMT 내수가 선 : J, Z로 운행한다.
- BMT 브로드웨이 선 N, Q, R로 운행한다
- BMT 카나라시 선 : 전 노선이 L로 운행한다.
- BMT 자메이카 선 : J, Z, 그리고 M로 운행한다
- BMT 아스토리아 선: N, Q 선이 운행한다.
- BMT 4번가 선 : D, N, R 선이 운행한다.
- BMT 웨스트 엔드 선 : D 선이 운행한다
- BMT 시 비치 선 : N 선이 운행한다.
- BMT 쿨버 선 : F 선이 운행한다.
- BMT 브라잇턴 선 : B, Q 선이 운행한다.
- IND 크로스타운 선 : G 선이 운행한다.
- IND 6번가 선 : B, D, F, M 선이 운행한다.
- IND 8번가 선 : A, C, E 선이 운행한다.
- IND 콘코스 선 : B, D 선이 운행한다.
- IND 풀턴가 선 : A, C 선이 운행한다.
- IND 록어웨이 선 : A, 록어웨이 파크 셔틀선이 운행한다.
- IND 퀸즈 블러바드 선 : E, F, M, R 선이 운행한다.
보조 노선들
- IND 아처가 선: E, J, Z 선이 운행한다.
- BMT 프랭클린가 셔틀: 프랭클린가 셔틀이 운행한다.