1895년(고종 32) 3월에 당시 일본에 의해 내세워진 김홍집을 정점으로 한 개혁 기관인 군국기무처에 의해 종래의 의정부를 개편하여, 교지를 받아 행정 각부를 통일하는 책임을 맡은 내각총리대신과 왕을 보필하여 국정을 맡아 처리하는 각부 대신으로 구성되었다. 그러나 1년만인 1896년에 을미사변과 아관파천이 연달아 터지면서 일본에 의해 진행된 개혁 등이 일시에 중단된 동시에 옛 명칭인 의정부로 환원되었다가 1907년 다시 내각으로 개칭되었으나 3년뒤 경술국치로 인해 폐지되고 만다.
주요 업무는 법령·칙령안·예산 결산·국채·국제 조약 및 중요한 국제 조건, 각 부간 주관 권한의 쟁의, 신민의 상소 가운데 특별히 왕 또는 황제가 지시한 것, 예산외 지출, 칙임관[1]·주임관[2]의 임명 및 진퇴, 옛규범의 존폐 및 변경과 관청의 폐치 및 분합, 그리고 정리 개혁에 관한 건, 조세·관유 토지·삼림·옥우·선박 등의 관리 처분에 관한 사항 등 국가의 중대사는 반드시 내각회의를 거친 뒤 왕 또는 황제의 재가를 받아 시행하였다.
아래는 내각의 소속된 부서이다.
- 대신관방: 1894년(고종 31) 갑오경장으로 설치된 8아문에 소속되어 있던 총무국을 이듬해 을미개혁 때 개칭한 것으로 내각을 포함한 다른 부서들의 대신관방 또한 해당 부서의 기밀에 관한 사항, 관리의 진퇴와 신분에 관한 사항, 대신의 관인과 부인의 간수에 관한 사항, 공문서류와 성안문서의 접수·발송에 관한 사항, 통계보고의 조사에 관한 사항, 공문서류의 편찬 및 보존에 관한 사항, 기타 각 관제에 의하여 특별히 대신관방의 관장에 속하는 사항 등을 맡아보았다. 그중 대신관방의 사무를 총괄하는 직책은 특별히 총리대신 비서관으로 되어 있다.
- 기록국: 1894년(고종 31) 갑오개혁 이후의 각 부처에 설치된 관서로 주로 각각의 부처의 행정과 통계를 담당했다. 의정부 기록국은 1894년에 설치, 참의 1명, 주사 4명을 두었다가 의정부가 내각으로 개편되어 국장 1명, 참서관 2명, 비서관 1명, 주사 18명을 두었다.
- 기공국: 한말 공신의 훈공을 기록하는 일을 관장하던 부서. 1894년 7월 11일 군국기무처 의안으로 충훈부를 개칭한 기공국을 의정부 안에 설치하여 관리의 규찰·상벌을 담당한 도찰원이 관리하도록 하였고, 주사 2인을 두었다. 그 해 7월 의정부 관제가 개편될 때 도찰원에서 독립, 국장 2인[3], 주사 2인을 두게 되었다. 다시 1899년 7월 녹훈 이외에 표장, 외국훈장의 수령·패용 등에 관한 업무가 새로 추가되면서 표훈원으로 승격, 독립해 효훈국과 제장국이란 관서를 두었고 총재 및 부총재 각 1인, 의정관 15인 이내, 참서관 1인, 주사 2인 등으로 구성되어 있었다.[4] 허나 1905년에 표훈사로 고쳐 의정부에 예속시켰다가 그해 다시 표훈원으로 복원되었다. 이후 2월 26일 표훈국과 제장국은 모두 폐지되고 행정적인 직제로 개정되었다. 총재 1인, 참서관 1인, 기사 3인, 주사 4인 이하로 임용하여 운영되었으나 1910년에 폐지되었다.
- 관보국: 의정부에 예속된 기관으로 관보의 인쇄와 발행을 맡아보던 곳이다.
- 전고국: 판임관의 시험을 관장하던 부서로 과거제 폐지로 전고국이 기존의 과거제를 대시하는 시험을 치뤄 관리들을 선발했다.
- 편사국: 갑오경장 이후인 1894년(고종 31)에 역사 편찬을 위해 세운 부서로 참의 1인과 주사 4인으로 구성되었다.
- 회계국: 갑오경장 이후에 설치된 관서로 내각의 회계사무를 담당했으며 그외의 각 행정부문과 원수부 내에서도 설치 회계사무를 맡아보던 곳이다.
- 기로소: 조선시대에 나이가 많은 문신 및 무관을 예우하기 위해 설치한 기구로 1394녀(태조 3)에 태조가 환갑을 맞이하면서 기사라는 명예관청을 설치하여 문신과 무신을 가리지 않고 70세 내외의 2품관 이상의 관료를 선발하여 기사의 명단에 이름을 올리고 임금 스스로도 이름을 올려 전토와 염전, 어전, 노비를 하사하고 군신이 함께 어울려 연회를 베풀며 즐기는 데에서 비롯되었던 것으로 태종 즉위 초에 본격적으로 제도화해 대한제국 시기에까지 존재하다가 1909년에 폐지되었다.
- 외사국: 주요 외교문서의 관장하며 1906년 을사조약으로 기능이 정지된 외부의 외교문서 보관 기능을 이어받았다.