모든 술의 기본. 에탄올의 재료가 될 수 있는 무언가와 이것을 열심히 잡아먹고 있는 효모의 집합체다. 이걸 어떻게, 얼마나 균일하게 잘 만드는가가 술맛의 핵심.
만드는 방식은 재료에 따라 다르지만, 기본적으로 발효의 주력은 효모다. 누룩곰팡이를 써도 발효가 되지만 얘는 한발 더 나가서 아세트산 발효까지 가기때문에 술을 넘어서 초가 되어버린다. 그 덕분에 옛날 전통주의 경우 밑술 띄우는 데 실패하면 초뺑이가 되어버리고 시큼한 술맛이 났었다. 단 과일류를 사용하는 경우에야 발효에 바로 써먹을 수 있는 단당류나 이당류가 많이 있으니 별 문제 없지만 곡물의 전분으로 술을 만들려는 경우라면 이 전분을 깨부숴줘야 한다. 주로 사용되는 방식이 보리를 싹틔워 만든 맥아(이 안에는 전분을 부수기 위한 아밀라아제가 잔뜩 들어있다)를 쓰던가, 아니면 누룩곰팡이를 써서 (호화시킨) 전분을 분해하는 방법을 쓴다. 지방에 따라서는 인체의 아밀라아제, 그러니까 타액(!)을 쓰기도 한다.
효모, 그리고 누룩이 술맛의 핵심. 이걸 얼마나 균일하게 만들어서 사용하느냐가 술맛이 변하지 않고 일정하느냐이기 때문에, 소규모로 담가 마시는 가양주의 경우에는 별로 신경쓰는 부분이 아니지만 대량 양조가 되면 엄청나게 골아픈 문제가 된다. 게다가 먹을 게 많고 (생각해보면 원료나 분해산물, 그걸 먹는 효모까지 전부 영양만점이다.) 이는 미생물한테도 마찬가지라, 중간에 이상한 것들에 오염되어 못먹을 것이 되어버리는 일도 흔하다. 따라서 좋은 누룩이나 좋은 효모의 확보는 술 만들 때의 핵심인데, 이것들은 산지사방에 포자들이 날아다니고 있기 때문에 초보자도 쉽게 술을 만들 수 있도록 도와주기도 하지만 제대로 술을 만들 때 골탕먹이는 요소이기도 하다. 그리고 잊어서는 안되는 것이 좋은 물.
전통방식으로 만드는 곡자(누룩)의 경우, 기본적으로 누룩곰팡이가 주에 일부 야생효모가 붙게되며 공장에서 사용하는 경우에는 필요에 따라 누룩곰팡이와 효모를 골라서 사용하게 된다. 초기단계에서 젖산발효(과일주의 경우 시트르산 발효)가 시작되어 일단 산도가 일정 이하로 떨어지게 되며, 이후 잡균이 증식할 수 없는 상황에서 누룩곰팡이 또는 효모가 본격적인 알코올 발효를 개시한다. 이 과정에서 대량의 이산화탄소가 발생하게 되고, 원료 당분이 다 소모되거나 에탄올 농도가 일정 시점을 넘어서는 경우 또는 제법에 따라 일정 시점이 지나는 시점에서 발효를 중지하고 다음 단계로 넘어간다.