1 일반대학원
석사과정 학번 02, 박사과정 및 석·박사통합과정 학번 01.
안암캠퍼스와 세종캠퍼스를 통합 운영 중이다. 공식적으로 대학원생들은 '대학원 OO학과 XX과정' 소속이기에 단과대 구분이 무의미해 보이지만 실질적으로는 '학사관리 주관대학'이라는 것을 설정하여 운용 중이다. 후술할 내용 중 학과 뒤의 괄호가 학사관리 주관대학.
1.1 인문·사회계
- 어문계
- 국어국문학과(문과대학)
- 영어영문학과(문과대학)
- 독어독문학과(문과대학)
- 불어불문학과(문과대학)
- 중일어문학과(문과대학)
- 노어노문학과(문과대학)
- 서어서문학과(문과대학)
- 인문계
- 철학과(문과대학)
- 사학과(문과대학)
- 한국사학과(문과대학)
- 언어학과(문과대학)
- 지리학과(사범대학)
- 문예창작학과(문화스포츠대학(세종))
- 고고미술사학과(문화스포츠대학(세종))
- 교육계
- 교육학과(사범대학): 영역별로 재구분한다.
- 교육핵심과학영역
- 교육심리과학영역
- 교육응용과학영역
- 교과교육학과(사범대학)
- 국어교육학과(사범대학)
- 영어교육학과(사범대학)
- 교육학과(사범대학): 영역별로 재구분한다.
- 법정계
- 법학과(법과대학)
- 정치외교학과(정경대학)
- 행정학과(정경대학)
- 정책학과(공공정책대학(세종))
- 상경계
- 경영학과(경영대학)
- 국제경영학과(경영대학)
- 경제학과(정경대학)
- 식품자원경제학과(생명과학대학)
- 디지털경영학과(글로벌비즈니스대학(세종))
- 기업경영학과(글로벌비즈니스대학(세종))
- 경제통계학과(공공정책대학(세종))
- 사회계
- 심리학과(문과대학)
- 사회학과(문과대학)
- 언론학과(미디어학부)
- 통계학과(정경대학)
- 사회복지학과(공공정책대학(세종))
- 북한학과(공공정책대학(세종))
1.2 자연과학계
- 이학계
- 수학과(이과대학)
- 물리학과(이과대학)
- 화학과(이과대학)
- 지구환경과학과(이과대학)
- 컴퓨터정보학과(과학기술대학(세종))
- 응용물리학과(과학기술대학(세종))
- 신소재화학과(과학기술대학(세종))
- 응용수학과(과학기술대학(세종))
- 응용통계학과(과학기술대학(세종))
- 가속기과학과(과학기술대학(세종))
- 생명환경계
- 환경생태공학과(생명과학대학)
- 생명과학 및 생명공학계
- 생명공학과(생명과학대학)
- 생명과학과(생명과학대학)
- 바이오시스템공학과(생명과학대학)
- 가정계
- 생활과학과(사범대학)
- 간호계
- 간호학과(간호대학)
- 보건계
- 보건과학과(보건과학대학)
- 의생명융합과학과(보건과학대학)
- 바이오융합공학과(보건과학대학)
- 보건안전융합과학과(보건과학대학)
- 약학계
- 약학과(약학대학(세종))
1.3 공학계
- 공학계
- 화공생명공학과(공과대학)
- 건축사회환경공학과(공과대학)
- 건축학과(공과대학)
- 기계공학과(공과대학)
- 전기전자공학과(공과대학)
- 신소재공학과(공과대학)
- 산업경영공학과(공과대학)
- 컴퓨터·전파통신공학과(정보통신대학)
- 뇌공학과(정보통신대학)
- 컴퓨터학과(정보대학)
- 사이버국방학과(정보보호학부)
- 전자·정보공학과(과학기술대학(세종))
- 환경공학과(과학기술대학(세종))
- 제어계측공학과(과학기술대학(세종))
- 생명정보공학과(과학기술대학(세종))
- 식품생명공학과(과학기술대학(세종))
1.4 예·체능계
- 체육계
- 체육학과(사범대학)
- 사회체육학과(문화스포츠대학(세종))
- 예능계
- 디자인조형학과(디자인조형학부)
1.5 의학계
- 의학계
- 의학과(의과대학)
- 의과학과(의과대학)
1.6 학과간 협동과정
- 과학기술학 협동과정(정경대학)
- 영상문화학 협동과정(문과대학)
- 비교문학비교문화 협동과정(문과대학)
- 고전번역 협동과정(문과대학)
- 문화유산학 협동과정(문과대학)
- 응용언어문화학 협동과정(문화스포츠대학(세종))
- 메카트로닉스 협동과정(공과대학)
- 미세소자공학 협동과정(공과대학)
- 마이크로/나노시스템 협동과정(공과대학)
- 바이오마이크로시스템기술 협동과정(공과대학)
- 도시재생 협동과정(공과대학)
- 영상정보처리 협동과정(정보통신대학)
- 바이오정보학 협동과정(정보통신대학)
- 금융공학 협동과정(정경대학)
- 보건학 협동과정(의과대학)
- 의학통계학 협동과정(의과대학)
- 통일보건의학 협동과정(의과대학)
- 환경기술·정책 협동과정(과학기술대학(세종))
- 의용과학 협동과정(과학기술대학(세종))
- 창의융합디자인 협동과정(디자인조형학부)
1.7 계약학과
- 반도체시스템공학과(공과대학): SK하이닉스와 계약
- 나노포토닉스공학과(공과대학): LG이노텍과 계약
- 자동차융합학과(공과대학): 현대자동차와 계약
- 스마트융합학과(공과대학): LG전자와 계약
2 전문대학원
- 국제대학원
- 정보보호대학원
- 경영전문대학원
- 의학전문대학원: 고려대학교의료원이 관리
- 법학전문대학원
- 융합소프트웨어 전문대학원
- 그린스쿨(에너지환경정책기술대학원): 한국과학기술연구원(KIST)와 같이 운영
- 기술경영전문대학원
- KU-KIST융합대학원: 한국과학기술연구원(KIST)와 같이 운영
- 행정전문대학원(세종캠퍼스): 기존에는 특수대학원인 '행정대학원'으로 정부대전청사 근처 고려대학교 대전교육관에 있었으나 2017학년도부터 행정중심복합도시로 이전하고 전문대학원으로 전환