根（ね）
밀본
나뭇잎의 원로인 시무라 단조가 수장을 맡고 있으며 이 곳에 소속되거나 소속된 적이 있는 닌자들로 야마나카 후, 아부라메 토루네, 사이, 야마토, 하타케 카카시 등이 있다.[1]
호카게 직속 암부의 경우엔 호카게가 지명하여 구성하는 편이지만, 대부분의 암부는 단조가 육성과 관리를 맡은터라 『나뭇잎 암부 = 뿌리』나 다름없다. 작중의 언급을 보면 단조가 3대 호카게 사루토비 히루젠과 타협하여 암부육성의 권한을 받은듯.
그러나 만악의 근원이자 강경파인 단조가 마음대로 주무르는 뿌리의 특성 때문인지 사실상 단조의 사병조직이나 마찬가지이다. 특히 암부는 표면적으로 드러내기 힘든 어두운 임무를 주로 맡는데, 뿌리출신 암부들은 수장인 단조의 명령에 따라 더더욱 더러운 임무를 수행하는 편.[2] 이를 위해 단조는 비인간적인 부분을 강조하며 임무수행을 명령한다. 사이와 관련된 에피소드에 따르면 자신의 소중한 사람과 서로 싸워서 죽이는 수련법을 행하고 있다고.
이처럼 단조의 비밀에 관여하는 경우가 많아서 그런지 여기에 소속된 닌자들은 배신을 막기 위해서 단조가 직접 주인술을 걸어 속박하고 있다.[3] 이외에 오로치마루는 뿌리와 밀접한 협력관계를 맺고 있었으며[4], 야쿠시 카부토와 그를 키워준 고아원의 여성인 노노우 또한 뿌리소속의 전문 스파이였던 것으로 보인다.
나루토 2부 중반에 단조가 사스케와 대결하다 사망한것이 확인되자 매우 동요하는 모습을 보이며, 위에서 언급한 비밀누설 방지용 주인도 사라졌다. 이후에 어찌되었는지는 불명. 다만 엔딩이나 극장판을 보면 뿌리나 암부는 사라지고 새로운 조직으로 탈바꿈한것 같다.- ↑ 카카시의 경우엔 3대 호카게가 악인이라는 거짓말로 꼬드긴 단조에게 넘어가 잠시 뿌리에서 일했지만, 하시라마 세포를 이용한 실험에 관계 되었다는 사실을 알게된 이후엔 관계를 끊었다. 야마토의 경우에는 임무 실패로 처분당할 위기에서 히루젠의 개입으로 호카게 직속암부로 재편성.
- ↑ 타국의 VIP급 인물 암살은 물론이고 미나토의 사후 호카게로 재취임이 결정된 사루토비 히루젠의 암살을 시도하거나, 탈주닌자인 오로치마루와의 비밀접선 임무를 수행하는등 단조의 개인적 이득을 위한 임무도 많았다.
- ↑ 사이의 경우엔 혀안쪽에 주인이 새겨져 있어서 뿌리와 관련된 기밀사항을 말할 수 없게 되있으며, 한때 뿌리 소속이였던 야마토도 호카게 직속으로 빠지는 대신 주인은 남긴다는 조건이 달렸다고 한다.
- ↑ 술법연구를 위한 생체실험이 외부로 새어나가지 않도록 일부 실험장소 제공 및 은폐를 뿌리에서 지원.