1월 6일, SK플래닛 프로리그 12-13 2라운드 STX SouL과의 경기 3세트에서 이신형을 이기고 조성호, 백동준을 연이어 이겨 4:2 승리를 만들어냈다.
1월 10일, 2013 GSL Season 1 승격강등전에서 2승 3패로 코드 A에 잔류했다. 김경덕과 코드 S에 진출하게 되는 임재덕을 이기고 드디어 승강전을 뚫는 최초의 협회 게이머가 나오게 되나 주목을 받더니만 크리스 로랑줴와 0승 3패로 이미 코드 A 잔류가 확정된 신재욱에게너도 같이 코드 A 가자 연달아 지며 위기에 몰렸다. 13세트에서 크리스 로랑줴가 이겼다면 최재성과 맞붙는 14세트에서 이겨 진출할 수 있었지만, 임재덕이 이기자 14세트에서 지며 와일드카드의 희망까지도 꺾였다. 자날 전환 후 토스전이 상대적으로 약하다는 평가를 받는데 그걸 여실히 보여줬다.
그러나 1월 20일, 김정우에게 패배한 이후로 꼬이기 시작하더니 프로리그에서 8연패를 찍는, 최악의 슬럼프를 경험 중이다. 김정우 이후로 송병구, 이영호, 임정현, 김정우, 김준호, 김민철, 하재상까지, 3종족전이 완벽하게 무너져 버렸다. 게다가 8연패 중 마패관광만 3번 당했는데 하필이면 죄다 비프로스트.
프로리그 뿐만 아니라 개인리그 역시 부진에 빠졌는데, 그나마 2013 HOT6 GSL Season 1 코드 A 1차전에서는 최정민을 2:0으로 잡고 코드 B는 면했으나 2차전에서 이영한을 만나 1:2로 무너지면서 승격/강등전으로 넘어갔다.
하지만 프로리그 EG-TL 전에서 윤영서를 상대로 연패도 끊고 팀의 4:0 승리도 확정짓더니, 그 다음날 펼쳐진 승강전에서 3승 1패를 기록하며 코드 S까지 진출하게 된다.
프로리그 4라운드 첫 경기에서는 이영호에게 전순까지 뽑는 장기전에서 건설로봇이 문자 그대로 전멸하며 패배하더니, 코드 S 32강 패자전에서는 방태수에게 3경기에 걸쳐 100기 이상의 건설로봇을 잡히면서 광탈...지못미. 정명훈 건설로봇 수난시대
6월 13일 對KT전에서 첫 세트에 출전, 상대팀 최강의 에이스인 이영호를 꺾었다. 초반에 이영호의 우주공항 전략을 간파한 뒤 화염기갑병 드랍으로 이영호를 수세에 몰아넣고, 공성전차 부대를 모아 지상 화력에서 우위를 점했다. 그러나 이영호가 바이킹과 전투순양함을 모아 반격에 나서자 역으로 코너에 몰리는 상황이 되었으나, 땅거미 지뢰를 대량으로 모아 역공을 가하여 이영호의 공중병력을 수 차례 괴멸시키며 승리를 거뒀다. 정명훈의 지뢰전 하이라이트 이 승리로 스타2에서 對이영호 전적을 2:2 타이로 맞췄고 팀의 4:1 승리에 기여했다. 포모스 등에서는 S급 승리였다며 칭찬이 이어지는 중.[1]
6월 25일, 옥션 올킬 스타리그 2013 32강 E조에서 이승현, 허영무에게 승리를 거두고 조 1위로 16강에 직행했다.