신세기 에반게리온에 등장하는 일본의 가상 수도.
본래대로라면 일본의 수도는 도쿄이어야 할것이지만, 2000년 9월 13일 세컨드 임팩트가 일어나고 9월 20일 신형폭탄의 공격으로 도쿄가 붕괴[1]하면서 일본 정부는 도쿄의 재건을 단념하고 다른 곳으로 천도를 하게 된다. (제1차 천도계획)
이에 따라 2001년 일본 국회는 잠정적인 수도를 나가노현 마츠모토시를 제2신동경시로 개칭해서 그곳으로 천도하게 된다. 그런데 왜 제3신동경시가 따로 있느냐고 하면 최종적으로는 그곳으로 천도할 예정이기 때문이다.
마츠모토시가 제2신동경시로 설정되어 있기는 하지만 작중의 지형이나 전망은 나가노현 이사역 부근의 오바스테산 부근이다. <에반게리온 연대기>에서는 마츠시로에 신 수도를 건설하는 것도 고려되었으나 최종적으로는 마츠모토시로 결정되었다고 나온다. 에반게리온 작중에서 마츠시로는 전략자위대 병기의 시험장과 마기의 백업이 보관된 네르프 제2기지가 있는 것으로 나온다.
인구나 도시 규모는 구 도쿄에 비하면 그 수준에 달하지 못한다고 보는 편이 일반적이라고 한다.
마츠모토시를 제2신동경시로 설정한 것은 아무래도 안노 히데아키가 밀덕이다 보니 제2차 세계대전 말기에 구 일본제국이 폭격을 피해 마츠시로에 대본영을 둘 계획에서 착안했다는 분석이 많다.
슈퍼로봇대전에서는 제3신동경시가 제2신동경시로 등장한다.