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1946년 8월 17일 경기도 파주시 출신으로, 서강대학교 교수다. 2009~2012년에는 서강대 총장을 역임하기도 하였다.
한국 사학계의 대학자인 이기백의 제자였으며 그의 뒤를 이어 서강대 학파의 거두로 강한 영향력을 행사하고 있다. 현재는 환갑을 넘겨 정년퇴임을 하여 서강대 명예교수로 남아있다. 이기동, 노태돈, 노중국 등과 함께 현재 한국 고대사학계의 거두로 손꼽히는 인물로, 특히 신라와 관련해 많은 저술을 발표하였다. 한편 서울대학교의 노태돈과는 일찍부터 학문적으로 대립 관계에 있던 사이로써 학계의 대표적인 라이벌로 손꼽힌다.
이종욱은 삼국사기 초기기사를 긍정하여 삼국이 이미 초기부터 강력한 중앙집권체제를 이루고 있었다고 주장했던 반면에 노태돈은 이와는 정 반대로 삼국지 동이전과의 절충론을 통해 삼국은 여러 부체제의 연합국가적 성격으로 파악하는 견해를 발표하였기 때문이었다. 후에 삼국사기 초기기록을 얼마나 긍정할 수 있는가 하는 문제로 다른 학자들과 충돌이 일어났는데, 초기기록에 대해 수정론적 자세를 취하는 학계의 통설을 포스트 식민사학이라고 비판하는 강수를 두었고 때문에 최근은 학계에서의 입지가 많이 줄어든 것으로 보인다.[1]
이와 관련하여 이종욱의 박사학위 논문[2]은 삼국사기 초기기록 긍정론의 입장에서 쓰여진 책이다. 삼국사기 초기기록 수정론자인 이기백에 대해 수제자가 박사학위 논문으로 "선생님의 연구성과들은 대부분 잘못된 것 같습니다" 라는 내용의 논문을 들고온 것. 그러나 이종욱의 논문을 읽어 본 이기백은 논리적으로 자신의 견해보다 타당한 것 같다며 흔쾌히 박사학위 인준을 시켜주었다. 오오 대인배 오오
마찬가지로 이기백의 뒤를 이어 서강대 한국고대사 교수가 된 이종욱 역시 자신의 제자 중 하나가 자신의 골품제 연구를 부정하는 논문을 박사학위 논문으로 제출[3] 하였는데 흔쾌히 박사학위를 인준해주었다. 이러한 학풍은 서강대 사학과의 전통이 되어, 서강대 사학과의 교수들은 학부와 대학원 수업에서 자신의 연구성과를 학생들이 비판하는 것을 거리끼기는 커녕 오히려 장려하는 분위기를 계속해서 이어가고 있다.
한편으로는 박창화가 필사한 화랑세기 진서론을 밀고 있는 대표적인 역사학자인데, 이 문제에 대해서도 화랑세기 위서론을 앞장서 주장하고 있는 노태돈과 대립하고 있다. 다만 학계에서는 대체로 화랑세기를 위서로 보고 있으며, 사료적 가치는 찾아볼 수 없다고 보는 관점이 자리잡고 있는데, 아무래도 화랑세기 필사본을 남긴 박창화 본인부터가 한문 소설가인데다가 필사가 이루어진 경위도 확실하지 않기 때문이다. 무엇보다 박창화가 죽을 때까지 필사본의 존재를 누구에게도 알리지 않았으며, 해방 이후로 남긴 원고에서도 사료의 부족함을 한탄하면서 필사본의 존재는 전혀 언급하지 않았던 점 또한 필사본의 진위가 의심되는 결정적인 사유 중 하나이다. 사실 진서로 보기에 문제가 많아서 이 또한 많은 문제가 되고 있다.