FBS에서 어떤 컨퍼런스에도 속해있지 않은 대학들을 말한다. 이들은 컨퍼런스가 없기 때문에 일정도 각자 짜고 중계도 각자 받으며 돈도 각자 번다.
1 노트르담 대학교
노트르담 대학교는 ACC 소속이지만, 미식축구만 독립되어 있다. 노트르담 대학교의 미식축구는 유럽 축구에 비교하자면 레알 마드리드, FC 바르셀로나, 바이에른 뮌헨 급이라고 할 수 있는 전국구 인기팀이다. 이 때문에 풋볼팀의 위상과 인기만으로도 다른 운동부와는 별개로 독자노선을 걷고 있다.
이는 결과적으로는 돈때문인데, 노트르담이 컨퍼런스에 들어가면 시즌을 치른 뒤 컨퍼런스 전체의 모든 수익을 학교 수대로 분배받는다. 그러나 노트르담이 이 방식을 따르기에는 노트르담의 역사와 넘사벽급 인기덕에 노트르담이 많이 벌면 벌수록 컨퍼런스에서 오히려 수익을 뜯길 처지가 되며 명문 라이벌 대학들이 너무 많아서 그 경기들만으로도 충분히 시즌을 운영할 수 있다는 점이 크게 작용했다고 한다. 일단 단독 대학팀 경기를 NBC에서 공중파로 중계하며 매년 USC,미시건 대학교등 미국의 대표 풋볼 명문들과 정기전을 가졌었다. 무엇보다 노트르담의 학기 등록금이 너무 비싸기 때문에[1] 컨퍼런스에 돈을 뜯기면 제대로된 리크루트가 불가능하다라는 것이 진짜 목적이다.
이때문에 노트르담은 무소속팀임에도 특례를 인정받아 BCS 랭킹 8위에 들면 At Large Bid를 받는다. 한마디로 특별대우. 그만큼 미국 대학풋볼에서 노트르담이 차지하는 위치가 크다는 말이다.
하지만, 2013년부터 노트르담대학교 스포츠부는 미식축구만 빼고 전부 ACC로 옮기며 풋볼 역시 기존 전통의 고정 라이벌리들을 다 엎고 ACC소속 팀과 5경기를 의무적으로 갖는다는 계약을 체결하여 표면적으로만 무소속일 뿐 사실상 ACC의 일원이 될 예정이다. 이제 스포츠계의 명실상부한 슈퍼 깍두기 이때문에 거리상으로 가장 가까이 있었기 때문에 노트르담과의 라이벌리로 재미를 봤던 Big-10의 명문 미시건,오하이오 스테이트 등이 노트르담의 결정을 비난하고 나섰다.[2]
2000년대 이후로는 2000,2005,2006년 시즌 at large로 bcs 보울게임에 진출하긴 했지만 모두 패했고 매년 어느정도 성적은 내지만 항상 만족스러운 성적이 아니어서 헤드코치들이 첫 계약을 채우고 연장을 하지 못할 정도의 난조를 겪었고 특히 2000년대 후반에는 볼게임도 나가지 못할 정도의 수모를 당했다.
그러나 2010년 신시내티 베어캣츠의 BCS보울 진출을 이끌었던 브라이언 켈리 헤드코치가 들어와 팀을 강하게 만들면서 전통의 명가다운 자존심을 회복하고, 드디어 2012년 11월 24일 시즌 마지막 경기에서 라이벌 USC 원정에서 승리를 거두고 1988년 이후 24년만에 무패시즌을 달성해 bcs 랭킹 1위로 내셔널 챔피언전 진출을 확정지었다. 하지만 결승전에서 2위인 앨라배마에게 무참히 발렸다.
2016년 현재 풋볼 무대에서 좀처럼 보기 힘든 한국계 Justin Yoon이라는 선수가 키커로 활약하고 있다! 무려 2015년 리쿠르팅 클래스 키커 1위로 장학금 오퍼를 받았으며 1학년부터 주전으로 인상깊은 활약을 펼쳐 Freshmen All-America에까지 선정되었다.
2 미국육군사관학교
아미 블랙나이츠 - 웨스트 포인트 미 육군사관학교의 대표팀이다.
3 브리검 영 대학교
브리검 영 쿠거스 - 약칭 BYU. 2010 뉴멕시코 보울에서 승리. 2011년부터 MWC를 떠나 무소속으로 미식축구 프로그램을 운영하고, 나머지 종목은 비FBS 컨퍼런스인 WCC로 옮겨갔다.
4 매사추세츠 미닛맨
매사추세츠주 암허스트에 위치한 매사추세츠의 플래그쉽 주립대학교. MIT와는 다른 공립 종합대학교로 보통 UMASS로 부른다.
풋볼에서는 뉴욕 자이언츠의 스타 리시버 빅터 크루즈, 농구에서는 ABA,NBA 레전드 줄리어스 어빙, 마커스 캠비[3]를 배출했고, 의외로 야구에서 UMASS출신 전,현직 GM이 3명이나 된다. 보스턴 레드삭스의 벤 체링턴, 피츠버그 파이리츠의 데이비드 리틀필드,닐 헌팅턴.
풋볼은 2015년까지 MAC컨퍼런스에 운영중이었으나, MAC의 전종목 컨퍼런스 입회 제안을 거절하고 무소속으로 나왔다. 풋볼 이외의 종목 대부분은 풋볼 프로그램을 운영하지 않는 Atlantic-10 소속. 예외로 하키는 하키 이스트, 라크로스는 CAA 소속이다.