소닉 크로니클/챕터

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1 개요

본 문서는 소닉 크로니클의 줄거리를 챕터 단위로 다룬다. 내용 누설 주의.

2 상세 줄거리

2.1 프롤로그

닥터 에그맨이 자신의 본거지인 메트로폴리스'에서 새로 지은 에그 캐리어를 띄우려 하자, 소닉과 동료들이 GUN과 함께 메트로폴리스를 공격한다. 에그맨의 새 에그 캐리어 내에서 소닉, 너클즈, 에이미가 에그맨을 포위하고, 테일즈가 그 틈에 전함의 시스템을 망가뜨려 에그 캐리어 자체를 추락시킨다. 소닉 팀은 4인승으로 개조된 토네이도 호를 타고 메트로폴리스에서 탈출하지만, 에그 캐리어가 추락하면서 일어난 대폭발 이후 에그맨은 완전히 모습을 감춘다.

소닉 일행은 그가 사망한 것으로 간주하고 해산하며, 세계는 고요와 평화를 되찾는다.

2.2 챕터 1 : 소닉의 귀환 (Hostile Reception)

약 1년 후, 그동안 세계를 여행하던 소닉이 홀로 그린 힐 존을 달리던 중에 테일즈로부터 연락을 받는다. 머라우더(Marauder)라고 불리는 수수께끼의 집단이 카오스 에메랄드를 모조리 훔치고, 너클즈가 이들과 싸우다가 잡혀가버렸다는 것. 이에 소닉은 에이미와 합류하여 테일즈의 공방이 있는 센트럴 시티로 향한다. 둘은 그린 힐 존과 센트럴 시티 경계에서 한 명의 머라우더 정찰병과 만나지만, 어렵지 않게 쓰러뜨리고 테일즈의 공방에 무사히 도착한다.

그런데 테일즈의 공방에서 다시 나오자마자, 과거에 에그맨이 사용했던 구형 로봇들이 소닉 일행을 공격해온다. 이를 격파한 소닉 일행은 머라우더와 너클즈에 관한 정보를 구하기 위해 루즈 더 뱃과 만나 GUN 본부를 찾아간다.

2.3 챕터 2 : 너클즈를 찾아서 (The Search for Knuckles)

GUN 본부에서 소닉 일행은 에그맨이 과거에 사용했던 은신처 4곳을 머라우더들이 이용하고 있음을 알아내고, 그 곳을 조사하기로 한다. 어느 한 곳에서도 너클즈는 발견되지 않았지만, 각각의 은신처에서 부서진 무전기가 하나씩 발견된다. 테일즈의 역탐지를 통해 머라우더들의 기지가 미스틱 루인에 있다는 것이 밝혀지지만, 센트럴 시티와 미스틱 루인의 경계는 위험하다는 이유로 GUN이 막아놓은 상태였다. 이에 소닉 일행은 테일즈의 공방으로 돌아가 오랜만에 토네이도 호를 타고 날아간다.

아니나다를까, 미스틱 루인에는 독성을 띤 가스가 퍼져있었고 그 속에서 멀쩡히 걸어다니는 것은 빅 더 캣 뿐이었다. 팀에 합류한 빅의 도움으로 소닉 일행은 머라우더들의 기지를 찾아내고, 기지 안쪽에서 감옥을 부수고 경비병을 때려눕히는 너클즈를 발견한다.

한편 소닉 일행이 기지에 들어갔다가 너클즈를 데리고 나오는 사이, 미스틱 루인 위에 떠 있던 엔젤 아일랜드가 통째로 없어지는 사태가 일어난다.

2.4 챕터 3 : 에그헌트 (Egghunt)

테일즈는 에그맨의 옛 은신처에서 발견했던 무전기들을 개조하여, 에그맨의 기계에 반응하는 탐지기를 만들어낸다. 소닉 일행은 이를 이용해 그린 힐 존, 센트럴 시티, 미스틱 루인에서 에그맨의 기계들을 찾기 시작한다.

일행이 센트럴 시티에서 미스틱 루인으로 가는 육로가 다시 열렸음을 확인했을 때, 난데없이 섀도우 더 헤지혹이 그들을 지나가 미스틱 루인으로 들어간다. 그런데 테일즈의 탐지기가 섀도우에게 반응하여, 소닉이 그를 따라가 결국은 미스틱 루인에서 다시 마주친다. 소닉은 섀도우에게 에그맨에 대한 정보를 털어놓을 것을 요구하지만 섀도우에게 그런 정보가 있을 리가 없었고, 섀도우는 귀찮다는 듯 도망치며, 에그맨이 만든 기계장치 하나를 흘리고 간다. 이 장치에 테일즈의 탐지기가 반응하고 있던 것이다.

이후 소닉 일행은 에그맨이 만든 어떠한 기계장치를 추가로 4개 더 수집한다. 테일즈가 수집한 장치 5개를 조합해본 결과 용도 불명의 새로운 장치가 탄생하는데, 장치를 모으고 조합하던 시기에 그린 힐 존에서 한 바위산의 내부로 통하는 입구가 발견된다. 그리고 기묘하게도 테일즈가 조합해놓은 장치가 그 입구를 막고 있던 에너지 장벽을 해제하여, 소닉 일행은 우연히 에그맨의 또다른 기지를 발견하게 된다.

그리고 이번에는 머라우더가 아닌, 죽은 줄 알았던 닥터 에그맨 본인이 기지 안에서 불쑥 나타난다. 에그 캐리어 추락 이후, 에그맨은 자신의 로봇에게 구조받아 생존했던 것이다.

참고로 챕터 2 혹은 챕터 3을 플레이하다가 그린 힐 존에서 크림 더 래빗을 만나 미션을 받을 수 있다. 미션의 내용은 그녀와 늘 함께 있는 차오 '치즈'를 찾는 것으로, 너클즈를 팀에 영입했다면 그린 힐 존에서 치즈가 갇혀있는 방에 도달하는 것이 가능하다. 이 미션을 완료하면 크림을 팀에 영입할 수 있는 권한이 생기는데, 영입하지 않고 넘길 수도 있다.

2.5 챕터 4 : 그림자에 숨은 전사 (A Wolf in the Shadows)

소닉 일행은 에그맨으로부터 엔젤 아일랜드가 메트로폴리스 상공으로 끌려간 상태임을 알게 된다. 에그맨이 없는 사이 머라우더들이 메트로폴리스를 점거하여 기지로 사용하고 있던 것이다. 엔젤 아일랜드로 가기 위해서는 메트로폴리스를 거쳐야 하는 상황이 되어, 소닉 일행은 잠시 닥터 에그맨과 함께 행동하게 된다.

다시 테일즈의 공방으로 돌아온 소닉 일행은 닥터 에그맨의 도움으로 토네이도를 재정비한 뒤, 블루 릿지 존으로 날아간다. 착지한 지점은 웨스트 사이드 아일랜드에 있는 스테이션 스퀘어 외곽. 그 지점에서 도시 밖으로 나 있는 길을 따라가 메트로폴리스에 쳐들어갈 예정이었으나, 스테이션 스퀘어에서 나오자마자 소닉 일행은 섀도우와 재회한다. 소닉의 끈질긴 추격에 질린 섀도우는 결국 소닉과 한 판 붙지만, 실컷 두들겨맞고(....) 지금까지 자신이 해온 일을 밝힌다.

섀도우가 미스틱 루인에서 흘리고 간 기계는 일종의 탐지기로, 그는 그 탐지기를 이용해 혼자서 E-123 오메가를 찾고 있었다. 탐지기에 의하면 오메가가 있는 곳 역시 메트로폴리스. 결국 목적지가 같아서인지 섀도우도 소닉 일행의 모험에 합류한다.

그런데 메트로폴리스로 가는 길에 3명의 머라우더가 나타난다. 그 중 한 명은 머라우더들을 이끄는 행정 장관이자, 너클즈를 납치하고 카오스 에메랄드를 훔친 범인인 셰이드 디 에키드나였다. 이 때 그녀가 스스로 자신들의 정체를 드러내는데, 그들은 4000년 전 너클즈족의 라이벌과도 같았던 '녹터너스족', 즉 또 하나의 에키드나 부족이었다. 모습을 감췄던 녹터너스족 에키드나의 갑툭튀에 소닉 일행, 특히 너클즈는 매우 큰 충격을 받는다. 그러나 그들의 정체가 무엇이든 일단 표면상으로는 적이기에, 소닉 일행은 셰이드를 쓰러뜨린다.

2.6 챕터 5 : 엔젤 아일랜드 (Battle for Angel Island)

블루 릿지 존에서 소닉 일행에게 패배한 셰이드는 절벽에 설치한 폭탄을 터뜨려, 메트로폴리스로 향하는 길을 막아버리고는 도주한다. 그러나 소닉 일행과 함께 있던 에그맨에 의해, 블루 릿지 존에는 메트로폴리스 지하 터널로 통하는 입구가 하나 더 있음이 밝혀진다. 덕분에 소닉 일행은 어렵지 않게 메트로폴리스로 잠입한다.

메트로폴리스에서는 머라우더, 즉 녹터너스족 병사들이 전함을 차례차례 출발시키고 있었다. 이에 소닉 일행은 두 팀으로 나뉘어 움직인다.

먼저 소닉과 너클즈가 이끄는 한 팀이 엔젤 아일랜드로 가기 위해 전함 한 척에 타고, 전함이 모두 출발한 이후 테일즈와 에그맨이 이끄는 또 하나의 팀이 메트로폴리스에 흩어져있는 부품들을 모아 에그맨의 연구소에서 신무기를 만들기 시작한다. 이 때 테일즈가 아이디어를 내서, 테일즈의 팀은 녹터너스족을 자신들의 본래 거처로 강제송환시키는 특수한 빔 캐논을 개발하기로 한다. 에그맨은 이 아이디어를 듣고 테일즈의 천재성에 다시금 감탄하지만, 이 무기가 적에게 아무런 데미지를 주지 않는다는 점에 의문을 품는다. 이에 테일즈는 자신들은 폭력을 최대한 회피하겠다는 뜻을 밝히고 에그맨은 이를 받아들인다.

한편 소닉의 팀은 전함에 올라탄 것을 적들에게 들켜버리고, 엔젤 아일랜드에 설치된 대공포가 소닉 팀의 전함을 파괴하는 순간 운 좋게도 엔젤 아일랜드에 착지(...)한다. 그리고 마스터 에메랄드의 제단 앞에서 셰이드를 포함한 다수의 녹터너스족 병사, 그리고 그들의 족장 '노웸(ノウェム)'과 마주친다.

녹터너스족은 인해전술로 소닉의 팀을 몰아붙이지만, 빔 캐논을 완성한 테일즈의 팀이 도착하여 적들을 셰이드와 노웸만 빼고 죄다 돌려보낸다. 그리고 두 팀은 재결합하여 노웸을 공격한다.

노웸은 쳐맞으면서도 소닉의 세계에 대한 정복욕을 노골적으로 표출한다. 이에 셰이드는 자신들의 목적이 '정복'이 아니라 '귀환'이라며 반발하지만 소용없었고, 노웸은 소닉 일행과 셰이드를 날려버린 뒤 마스터 에메랄드를 훔쳐 도주한다.

한편 테일즈의 팀이 메트로폴리스에서 E-123 오메가를 찾아내면 오메가를 팀에 영입할 수 있다. 오메가는 녹터너스족이 조종하는 에그맨 로봇의 공격을 받아 망가져있었지만, 테일즈의 수리로 무사히 회복되고 섀도우와 함께 복수를 결심한다.

2.7 챕터 6 : 찢어진 차원 (Black Hole Sun)

마스터 에메랄드가 없어지자 엔젤 아일랜드는 늘 그랬듯이(...) 추락하여, 이미 두 번은 박살난 메트로폴리스를 또 박살내고 전력 공급까지 끊어버린다. 그리고 녹터너스족이 갇혀있던 차원 '트와일라이트 스페이스'와 소닉의 세계를 잇는 웜홀이 메트로폴리스 상공에 열린다.

노웸에게 버림받은 셰이드는 소닉의 세계를 정복하려는 그를 저지하기 위해, 소닉 일행의 동료가 된다. 셰이드를 받아들인 소닉 일행은 메트로폴리스의 전력 공급을 되돌리고, 테일즈와 에그맨은 웜홀을 통과할 우주선 '블루 사이클론'을 건조한다.

모든 준비가 끝났을 때, 닥터 에그맨은 만일을 위해 지구에 남고 소닉 일행은 블루 사이클론을 타고 웜홀을 통과하여 트와일라이트 스페이스로 향한다.

2.8 챕터 7 : 카오스 에메랄드를 찾아라 (Quest for the Chaos Emeralds)

블루 사이클론 호는 트와일라이트 스페이스에 위치한 미행성, '크론 콜로니(Kron Colony)'에 불시착하고, 소닉 일행은 사이클론의 수리 겸 파워 충전을 위해, 크론 콜로니에서 카오스 에메랄드를 찾기로 한다.

그 때 노웸의 식민지인 크론 콜로니의 군사들이 소닉 일행을 녹터너스족으로 착각하고 공격한다. 크론 종족은 노웸의 지배를 받으면서도 노웸에게 빼앗긴 군수 공장을 되찾고 그의 지배에서 벗어나고자 하였고, 이를 알게 된 소닉 일행은 크론의 족장 '크래그'를 찾아가 자세한 이야기를 듣는다. 일행은 녹터너스족이 차지한 군수 공장에 쳐들어가 보안을 해제해버리고, 잠시 후 크래그가 이끄는 크론의 군사들이 돌입하여 공장을 되찾는다. 이 일을 계기로 소닉 일행은 크론 종족의 신뢰를 얻고, 공장에 보관되어있던 첫 번째 카오스 에메랄드를 회수한다.

2.9 기조이드에 관하여

크론의 군수 공장에서 소닉 일행은 다수의 기조이드를 발견한다. 그리고 기조이드가 녹터너스족이 만들어낸 병기임을 알게 된다.

소닉의 세계에서는 4000년 전, 너클즈족과 녹터너스족이 각각 세력을 키우면서 다투고 있었다. 녹터너스족은 프로토타입 기조이드를 이용해 너클즈족을 몰아붙였고, 이는 당시 너클즈족의 족장이었던 파차카마가 카오스 에메랄드에 손을 대는 원인 중 하나가 되었다. 결과적으로 너클즈족은 퍼펙트 카오스에 의해 전멸한다. 그런데 녹터너스족 역시 정체를 알 수 없는 힘에 의해 트와일라이트 스페이스로 끌려가, 두 에키드나 종족은 4000년 동안 소닉의 세계에서 모습을 감춘다. 이 때 녹터너스족이 만든 최강의 기조이드만이 소닉의 세계에 남았는데, 이 기조이드가 후에 발견된 에멜이다.

2.10 챕터 8 : 섹터 스킬라 (Sector Scylla)

크론 콜로니에서 카오스 에메랄드를 회수한 소닉 일행은 트와일라이트 스페이스에 있는 또다른 식민지인 '나갈 콜로니(N'rrgal Colony)'로 날아간다. 그런데 소닉 일행이 사이클론에서 내리자마자, 나갈인들이 달려들어 사이클론의 에너지를 흡수해버린다. 발이 묶인 소닉 일행은 어쩔 수 없이 나갈인들의 요구에 의해 그들의 족장이자 여왕인 '나갈 퀸'을 만나게 된다.

나갈 종족은 오랜 세월 동안 이웃한 식민지인 '조어 콜로니(Zoah Colony)'와 적대관계였다. 나갈 퀸은 소닉 일행을 조어인들의 스파이로 몰아붙이고, 조어 콜로니가 손에 넣은 '비밀병기'를 빼앗아오면 나갈 콜로니에 있는 카오스 에메랄드를 넘겨주기로 한다.

나갈 퀸과 소닉 일행이 대화하는 사이 나갈인들은 사이클론의 에너지를 다시 충전해놓고, 무조건 조어 콜로니로 날아가도록 손을 써놓았다. 결국 소닉 일행은 강제로 조어 콜로니까지 날아간다.

조어 콜로니에 도착한 사이클론 호는 이번에는 조어 콜로니에 묶여버리고, 소닉 일행은 사이클론에서 내리자마자 조어 군인들의 습격을 받는다. 일행에 녹터너스족의 배신자 셰이드와, 노웸이 현상금을 내건 공공의 적 제1호인 소닉이 있었기 때문. 습격해오는 군인들을 처리한 소닉 일행은 조어 콜로니를 돌아다니는 병사나 거리에 설치된 포대를 피해가며 조어 콜로니의 비밀병기를 찾는다. 그러던 중 다른 콜로니와 거래하는 한 상인으로부터 이런저런 정보를 얻고, 조어의 비밀병기도 하나의 카오스 에메랄드라는 사실을 알아낸다.

상인이 준 정보에 의하면 조어 콜로니는 족장 '랙소스 장군'과 '시랙스 사령관'이 이끄는 군사 정권이 다스리는 곳이며, '챌린지'라는 제도가 존재한다. 조어의 시민권이 있는 자라면 누구든 랙소스 장군에게 '챌린지'를 신청할 수 있으며, 이 제도를 통해 장군과 싸워 승리하면 원하는 것을 요구할 수 있다. 조어 콜로니가 노웸의 식민지가 된 것은, 노웸이 챌린지 제도로 랙소스에게 승리했기 때문이라고 한다.

이 정보를 얻고 카오스 에메랄드가 보관된 건물의 경비병을 찾아가면 플레이어에게는 2가지 선택지가 주어진다. 경비병을 쓰러뜨리고 들어가 카오스 에메랄드를 찾거나, 경비병에게 요청하여 시민권을 취득하고 공식적으로 랙소스에게 챌린지를 신청할 수 있다.

• 챌린지를 신청할 경우 :

경비병은 시민권 취득의 절차를 안내하며 소닉 일행을 한 링으로 안내한다. 링에는 '젠틀맨'이라 불리는 시민과 몇 명의 군인이 나타나고 소닉 일행은 이들을 쓰러뜨린다. 이를 모두 쓰러뜨리고 나면 랙소스가 직접 나타나 소닉의 시민권 취득을 인정한다. 그리고 일행이 챌린지를 통해 카오스 에메랄드를 가져가려 한다는 사실을 확인한다.

• 챌린지를 신청하지 않을 경우 :

경비병을 격파한 소닉 일행은 건물 안에 있는 카오스 에메랄드를 발견한다. 그러나 그 순간 링으로 강제 워프되고 랙소스가 시랙스 사령관을 데리고 나타난다.

어느 쪽이든 결국 일행은 링 위에서 시랙스 사령관을 쓰러뜨리고, 끝에는 소닉이 랙소스와 1:1로 승부하여 승리한다. 그러고 나면 랙소스는 의외로 순순히 카오스 에메랄드를 넘겨주는데, 그 역시 노웸의 지배로부터 벗어나기를 희망하고 있었고 소닉이 노웸을 쓰러뜨릴 가능성이 있다고 판단한 것이다. 그리하여 조어인들도 크론에 이어 소닉의 편으로 돌아선다. 그러나 소닉의 편으로 돌아선 콜로니에 녹터너스족 병사들이 파견되어, 이들은 소닉 일행이 녹터너스족과 정면으로 승부하기 전까지는 표면적으로 계속 노웸에게 복종하는 척을 하게 된다.

조어 콜로니의 카오스 에메랄드를 손에 넣은 소닉 일행은 나갈 콜로니로 돌아가 나갈 퀸을 다시 만나는데, 나갈 퀸은 조어의 비밀병기가 카오스 에메랄드라는 것을 알고 크게 분노한다. 나갈 퀸은 노웸으로부터 카오스 에메랄드를 받을 때 '조어으로부터 나갈 콜로니를 지킬 무기'라는 이야기를 들었으나, 이는 순 개뻥이었고 노웸은 조어와 나갈 양측에 카오스 에메랄드를 1개씩 나눠준 것이다. 나갈 퀸은 망설이지 않고 가지고 있던 에메랄드를 소닉 일행에게 넘겨주며, 노웸에게 복수해줄 것을 부탁한다. 이후 나갈인들 역시 소닉 일행에게 마음을 열고 나갈 콜로니에도 녹터너스족 병사들이 파견된다.

2.11 챕터 9 : 섹터 카리브 (Sector Charybdis)

3개의 카오스 에메랄드를 손에 넣은 소닉 일행은 사이클론 호를 타고 '복사(Voxai)'인들이 사는 '복사 콜로니 베타'로 이동한다. 그러자 그들의 앞에 '테베(Thebes)'라는 이름의 복사인이 나타난다.

복사인들은 초능력을 사용하는 집단으로, 의사소통 역시 텔레파시를 이용해 머릿속으로만 하는 종족이다. 이들은 복사 콜로니 베타와 '복사 콜로니 알파'에 거주하며, '사이코마스터' 또는 '오버마인드'라고 불리는 3명의 족장과 함께 평화롭고 민주적인 사회를 이루고 있었다. 그러나 노웸이 사이코마스터들에게 2개의 카오스 에메랄드를 공급하자 사이코마스터 셋은 초능력을 이용해 복사인들을 통제하며 고도의 철권 통치를 하게 된다.

사이코마스터의 초능력에 영향을 받지 않는 자를 '이단자(Outermind)'라고 하는데, 테베 역시 복사인임에도 불구하고 한 명의 이단자였다. 그러나 복사인 특유의 초능력은 똑같이 가지고 있었기에, 소닉의 머릿속을 읽어 그가 카오스 에메랄드를 찾는 동기까지 단숨에 파악하고 협조하기로 한다.

그러나 사이코마스터의 정예 호위병인 '텔크스(Thelxe)'가 사이코마스터가 가진 에메랄드 중 하나를 가지고 복사 콜로니 베타에 찾아오고, 사이코마스터의 감시망은 더욱 강화되어 테베의 친구들은 사이코마스터에게 조종당하며 소닉과 테베를 공격한다. 소닉 일행은 사이코마스터가 있는 복사 콜로니 알파로 이동하기 위해 워프게이트가 있는 곳으로 이동하여, 길을 가로막은 텔크스를 쓰러뜨린 뒤 4번째 에메랄드를 손에 넣는다.

테베는 쓰러진 텔크스로부터 워프게이트의 암호를 추출하여 소닉의 머릿속에 입력하고, 덕분에 소닉 일행은 워프게이트를 통해 복사 콜로니 알파로 이동하여 사이코마스터가 있는 광장에 도달한다. 이 때 사이코마스터의 초능력에 소닉을 제외한 동료들이 차례차례 정신을 조종당하기 시작한다.

그러나 사이코마스터 3인방은 소닉의 동료들을 다시 원래대로 돌려놓고 소닉을 도발한다. 결국 쓸데없는 어그로를 끈 탓에 사이코마스터들은 무참히 박살나고 텔크스와 달리 시체도 남지 않는다(...). 이렇게 소닉 일행은 5번째 에메랄드를 회수하고 복사 콜로니 알파와 베타는 해방된다.

이후 테베가 새로운 사이코마스터가 되면서 복사 콜로니는 다시 평화를 되찾고 소닉 일행의 새로운 아군이 된다. 즉, 노웸의 식민지를 이루던 모든 종족이 노웸도 모르는 사이 소닉의 편으로 돌아선다.

2.12 챕터 10 : 결전 (Citadel Showdown)

마지막 남은 2개의 카오스 에메랄드와 노웸이 훔쳐간 마스터 에메랄드는 모두 녹터너스족의 본거지, '녹턴(Nocturne)' 섬에 있었다. 그러나 접촉하는 모든 물체를 흔적도 없이 날려버리는 크고 아름다운 배리어가 섬을 통째로 둘러싸고 있어, 사이클론 호는 녹턴에 착륙하지 못한다.

이에 소닉과 테일즈의 아이디어로 그동안 만났던 각 종족의 리더들이 크론 콜로니에 모여 회의를 한다. 그리고 각 종족의 특기를 살려 배리어에 사이클론 호가 통과할 수 있는 구멍을 뚫기로 한다.

얼마 후 테일즈의 지시로 작전이 개시되어, 크론과 조어의 연합군으로 구성된 함대가 사이클론 호와 함께 녹턴을 둘러싼다. 그동안 복사인들이 초능력을 활용해 배리어의 약점을 찾아내고, 조어의 전함에 달린 함포를 이용해 그곳에 나갈인들을 직접 발사한다. 발사된 나갈인들이 특유의 에너지 흡수 능력으로 배리어의 한 지점을 빨아먹어 구멍을 열자, 사이클론 호가 구멍을 통해 배리어 안으로 들어가 녹턴 섬의 외곽에 무사히 착륙한다.

사이클론 호에서 내린 소닉 일행은 순간 녹턴 섬이 서서히 움직이고 있다는 사실을 눈치챈다. 노웸이 가지고 있는 에메랄드의 힘으로 섬을 움직이고 있었으며, 목표 지점은 바로 트와일라이트 스페이스와 소닉의 세계를 연결하는 웜홀.

일행은 노웸의 계획을 저지하기 위해 바로 움직이지만, 이들 앞에 카오스 에메랄드를 가진 두 대의 기조이드 '스킬라'와 '카리브'가 나타난다. 둘은 소닉 일행을 조롱하면서 각자의 은신처로 도주하고, 이에 소닉 일행은 메트로폴리스에서 녹터너스족을 상대했을 때처럼 2개의 팀으로 갈라진다.

카오스 에메랄드를 되찾기 위해, 소닉과 테일즈가 이끄는 한 팀이 카리브를 쫓고, 너클즈와 셰이드가 이끄는 다른 한 팀이 스킬라를 쫓기 시작한다. 그런데 너클즈의 팀은 녹턴에 설치된 대포의 원거리 공격으로 인해 앞으로 나아가지 못하게 된다. 이에 셰이드가 무전으로 소닉에게 연락하여, 녹턴을 둘러싼 배리어를 해제하는 스위치를 찾아달라고 한다. 소닉 일행은 셰이드의 연락을 받고 금방 스위치를 찾아 배리어를 해제해버리고, 외부에서 대기하고 있던 크론과 조어의 전함이 날아와 대포를 파괴해버린다.

그러나 너클즈 일행은 또다른 위기를 맞이한다. 기조이드 중에서도 최고의 엘리트에 해당하는 '기조이드 센추리온' 2대가 나타나 앞길을 가로막은 것. 이들은 특수한 보호막으로 몸을 지키며 너클즈를 관광태운다. 이에 셰이드가 다시 소닉에게 연락하는데, 때마침 소닉 일행은 다수의 기조이드 센추리온이 보관된 연구소를 지나고 있었다.

테일즈가 조사한 결과에 의하면, 기조이드 센추리온은 음파를 이용한 특수한 보호막을 두르고 있었다. 테일즈는 이를 해제하기 위해 몇 번의 실험을 거친 뒤, 무전기를 통해 너클즈의 팀이 있는 장소에서 이상한 소음을 일으켜 기조이드 센추리온들이 지닌 보호막을 해제해버린다. 쉽게 말해서 무전기의 소음을 십분 활용한 귀강간(Ear Rape). 기조이드 센추리온들은 압도적인 공격력을 지녔지만, 보호막이 없으면 방어력은 그냥 일반 기조이드와 다를 바 없었기에 너클즈의 팀에게 금방 역관광당하고 리타이어한다.

한편 소닉 일행은 별 탈 없이 카리브의 은신처에 잠입하여 카리브를 찾아낸다. 그런데 그 순간 카리브는 출입구를 막아버리고 은신처를 물로 꽉 채워버린다. 소닉 일행은 그 상태로 카리브와 싸우지만, 수중전에서 카리브는 무적에 가까운 전투력을 과시한다. 수중전에서는 파워 무브를 쓸 수 없는데, 카리브와 수중전을 벌일 때는 만렙 오메가가 평타를 때려도 데미지가 1밖에 안 박힌다. 게다가 카리브의 평타 데미지는 기조이드 센추리온의 약 2배. 그런데 골때리게도 카리브의 은신처에서 물을 빼는 밸브는 섬 정반대편에 위치한 스킬라의 은신처에 있었다.

결국 소닉 일행은 너클즈의 팀이 스킬라를 때려잡고 카리브의 은신처에서 물을 뺄 때까지 고전을 면치 못한다. 카리브에게 사이좋게 맞아죽거나, 그대로 익사하거나 둘 중 하나가 될 뻔했으며 물이 빠지기 직전까지 테일즈는 아이고 맙소사 우린 인제 죽었어 분위기.

물론 은신처에서 물이 빠진 뒤로는 그런 거 없고 카리브 역시 소닉 일행에게 얻어터지고 기능을 정지한다. 그리고 너클즈의 팀이 6번째, 소닉 팀이 7번째 에메랄드를 차례대로 회수하자 녹턴 섬의 움직임도 멈춘다.

이후 두 팀은 녹턴 섬 꼭대기에 있는 노웸의 은신처에 쳐들어가 노웸을 몰아붙이고, 그 틈에 너클즈가 마스터 에메랄드를 되찾는다. 순간 노웸은 마스터 에메랄드의 힘으로 파워업하지만, 슈퍼 소닉의 연속 공격에 원턴킬을 당하고 리타이어한다. 이 때 노웸이 최후의 발악으로 사라지기 전에 웜홀을 닫아버리지만 어느새 블루 사이클론 호가 노웸의 은신처 앞에서 대기하고 있었다. 덕분에 소닉 일행은 웜홀이 완전히 닫히기 직전에 셰이드를 데리고 트와일라이트 스페이스에서 빠져나가, 자신들의 세계로 돌아간다.

2.13 엔딩

소닉의 세계에서 4000년이 흐르는 동안 트와일라이트 스페이스에서는 몇 년 흐르지 않는다. 마찬가지로 소닉 일행이 트와일라이트 스페이스에서 에메랄드를 되찾는 사이 소닉의 세계에서는 몇 년이 흘러있었고, 멀쩡히 복구된 메트로폴리스에서 닥터 에그맨이 소닉 일행과 셰이드를 태운 사이클론 호를 맞이한다.

그리고 인사가 끝난 직후 에그맨이 사이클론 호를 쏴서 떨어뜨리고, 이어서 엔딩 크레딧이 흘러나오며 게임이 끝난다. 엔딩에서 소닉과 테일즈가 후속작 떡밥을 뿌리지만 게임이 발매된 2008년 이후 몇 년이 지나도록 별다른 소식은 없다.

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